Một số bộ, đơn vị cho rằng thời gian thanh tra thuế có thể lên tới 360 ngày là quá dài và ảnh hưởng tới hoạt động của doanh nghiệp. Ý kiến khác cũng cảnh báo việc không để kéo dài “vô thời hạn” thời gian thanh tra thuế đối với doanh nghiệp.